祖母绿内部特征一般可分为四大类：矿物包体，负晶或空洞中的两相或三相包体，愈合或部分愈合裂隙及色带,生长纹等。
1，矿物包体
（1）云母
常具浑圆状外形的薄片，呈半透明，可有无色，褐色，黑色或绿色。许多产地的祖母绿中都包含云母包体，赞比亚的祖母绿中云母呈黑色小斑点出现。
（2）透闪石-阳起石
常呈叶片状，短柱状或针状出现，透明至半透明，在桑达瓦祖母绿中呈弯曲或破碎纤维状，在奥地利祖母绿中也有相似的形态。俄罗斯祖母绿中的阳起石可呈短柱状，具横向裂隙，看似竹节。
（3）黄铁矿
呈黄色，光泽强，棱角圆滑，有些晶形发育完整。常出现于哥伦比亚契沃尔和巴西产的祖母绿中。
（4）方解石
呈无色，半透明，菱形晶体或不规则的侵蚀残晶，常见于木佐祖母绿中。
（5）赤铁矿
呈褐红至黑色，放射光下显褐红色，不透明，外形界线圆滑。常见于津巴布韦桑达瓦纳的祖母绿中。
（6）其他矿物包体
分别在不同的产地可见有一些特色的包体，如姆佐祖母绿矿中可见有半透明褐色的氟碳钙铈矿柱状晶体，在澳大利亚褐某些俄罗斯祖母绿中可见有锡石晶体褐不规则毒砂矿物的白色斑块，还有金红石，硅砾石，长石等。
2.负晶或空洞
祖母绿中可有小于一毫米至几毫米的空洞，一般平行Z抽排列，可呈圆形，锯齿状或长而尖的形状。内部可含有两相或三相包体。如哥伦比亚祖母绿内部的三相包体呈圆或长而尖的外形，内含一种液体，一个气泡和一个正方形的岩盐晶体。印度祖母绿中含有两相负晶，当平行Z轴观察时，呈六边形，其他角度呈矩形，矩形角上带一尾巴，外形像逗号。尾巴内含有云母碎块。
3.愈合或部分愈合裂隙
内部可有液体填充，可被铁质成分浸染而呈黑色或褐色。
4. 色带或生长环带
祖母绿中常见有平行柱面或底面的生长环带或色带，总体呈六边形
