从目前的情况看，海水养殖珍珠一般为有核养珠，淡水养殖珍珠一般为无核养珠，但也有淡水有核养殖珍珠投入市场。对于有核养殖珍珠，由于珠核的存在，加之珠核主要由贝壳制成。因此，导致有核养殖珍珠与天然珍珠的内部结构和珍珠层结构存在明显的差别。鉴别时可主要根据这种结构差别加以区分，谈水无核养珠与天然珍珠间也在许多方面存在差别。为此，天然珍珠与养殖珍珠的鉴别方法可归纳如下：
1、肉眼及放大定察个天然珍珠质地细腻，结构均一，珍珠层厚。光泽强，多是凝重的半透明状，外形多为不规则状，直径较小：养殖珍珠多为圆形、椭圆、水滴形等，直径较大，珍珠层较薄，珠光不及天然珍珠强，表面常有凹坑，质地松散。
2、置光照明法：天然珍珠看不到珠核与核层条件，无条纹效应：有核养珠可以看到珠核、核条带，大多数呈现条纹效应。
3、射线衍射法：天然珍珠芳埃图中出现假六方对称图案斑点；有核养殖珍珠出现假四方对称图案的斑点，仅一个方向出现假六方对称斑点。
4、射线照相法：天然珍珠显示为一完整由外向中心的同心圆线；无核养殖珍珠，也显示为一系列同心线条，但在中心部位出现一个不规则的中空部分。有核养殖珍珠，则在同心圆结构的核的部位出现围绕核部的一条强的线。这些现象与珍珠的结构有关。
5、荧光法：天然珍珠在X射线下大多数不发荧光；养殖珍珠在X射线下多数发荧光和磷光（蓝紫色、浅绿色等）。
6、密度差鉴别法：一般养珠因有珠核，比重较大，天然珍珠较轻，因此，往往在2.70g/cm3。
