玉石的分类方法有很多种，按照市场流行的命名有翡翠、和田玉、青海玉、岫玉、碧玉、独山玉、寿山石、玛瑙、玉髓、鸡血石、巴林石、绿松石等。
1、按照主要矿物组成分类，透闪石类玉石（软玉）居多。
透闪石含量依次为：新疆和田玉、青海玉和河南栾川伊源玉（95--99%），四川汶川龙溪玉（90--98%），俄罗斯玉（90%以上），新疆玛纳斯碧玉（80%以上）；其次是以辽宁岫玉为主、包括祁连玉、四川蛇纹石猫眼，以及山东蓬莱蓬莱玉、北京昌平黄岫玉、陕西蓝田玉、青海乌兰墨绿玉、青海乐都玉、甘肃武山鸳鸯玉、新疆托里蛇绿玉矿床、甘肃酒泉岫玉等，都属于蛇纹石类玉石；斜长石类玉石有南阳独山玉、河南梅花玉等；石英类玉石也属于包含品种多样的玉石，主要有新疆金丝玉、云南龙陵黄龙玉、河南密玉、桂林鸡血玉，以及芙蓉石、东陵石、玛瑙、玉髓、碧玉等；另外还有在我国少见的硬玉（NaAISi2O6）类玉石，最著名的当属缅甸翡翠，其主要由硬玉及少量的透辉石、霓石、钠铬辉石等组成。
2、按照形成玉石的地质作用的性质和能量来源分类，可分为内生成矿作用、外生成矿作用和变质成矿作用。
内生作用的能源来自地球内部，岩浆高温高压成矿生成金刚石、橄榄石、蓝宝石等矿物；岩浆作用晚期伟晶成矿形成的有绿柱石、电气石、黄玉、托帕石、碧玺、水晶等矿物；由接触交代成矿作用形成矽卡岩玉石矿，包括镁橄榄石、尖晶石、透辉石、镁铝榴石、钙铝榴石、钙铁榴石、透辉石、方柱石、符山石等；岩浆期后由热液作用，形成石英、黄玉、电气石、绿柱石、玛瑙、蛋白石、祖母绿等矿物；岩浆沿地壳脆弱带直接上升至地表或溢出地表、甚至喷向空中称为火山成矿作用，主要形成火山玻璃、黑耀岩、部分欧泊和红色绿柱石等矿物。
外生（表生）成矿作用是由太阳能、水、大气和生物所产生的风化作用和沉积作用。与风化成矿作用有关的宝石种类有欧泊、绿松石、孔雀石、绿玉髓；沉积成矿作用形成的宝石矿床主要有金刚石（钻石）砂矿、蓝宝石砂矿、红宝石砂矿、水晶砂矿等；通过生物生命活动而形成的宝物有珊瑚、琥珀和硅化木等。
变质成矿作用是指地壳中已经形成的岩石和矿石，由于地壳构造运动和岩浆、热液活动的影响，温度和压力发生改变，使其在矿物组分、结构构造上发生改变的作用，这种作用是在固体状态下发生的。一类是由于岩浆侵入使围岩受到热的影响而引起的接触交代热变质成矿作用，形成石榴子石、尖晶石、水晶、紫晶、红宝石等矿物；另一类是伴随区域构造运动而发生的大面积的区域变质作用，形成蛇纹石、透闪石、斜长石、石英、堇青石、透辉石、石榴石、夕线石、刚玉和尖晶石等宝石矿物。
3、按照宝玉石存在形态及勘探方式划分类型，可分为非原生矿散布型、风化沉积与火山喷发富集型、热液变质脉岩型。
非原生矿散布型是指玉石原生矿经风化剥落、经过冲积或冰碛搬运至河床、漫滩、阶地、戈壁等区域，其特点是玉石块较小、散落分布面积大，此类玉石很难通过物探方法寻找，只能依靠人工搜索寻宝。
风化沉积与火山喷发富集型玉石具有以下共同特点：（1）都是独立块状玉石，矿体不连接；（2）距原生矿的搬运距离根据块体大小和冲积方式而不同；（3）多在山谷低洼处汇聚形成相对密集的窝矿；（4）汇聚成矿所压地层和其上覆盖地层明显异于玉石矿体层。此类玉石矿体属于块状不连续分布形态，一般物探方法很难探寻和辨识。因其与上下地层明显不同，只要分层足够细、点间距足够小，高分辨率图像中的异常还是较为明显的。
热液变质脉岩型玉石包含的类型很多，其具有以下共同特点：（1）无论是接触交代型、岩浆岩型、变质岩型等玉石矿，其形态均为连续的原生矿体；（2）无论是热源是高低温岩浆或高温气液，玉石矿脉都是热源与低温围岩接触“淬火”变晶后的成果，找玉石就是要找玉脉；（3）并不是所有的玉石矿都能成玉，玉石也分优劣、“生”“熟”，玉脉中只有“淬火”效果好、变晶聚合程度高的部分，才能成为有价值的精品玉石。此类玉石矿脉连续性好、高测值物性异常明显，只要物探成像分辨率足够高，就能很容易找到玉石矿脉，摸清玉脉所在位置、厚薄、走向。当然，任何物探方法只能找到矿脉异常，而不能识别是什么矿体，更不可能辨识玉石矿脉的品种、品质，要清楚矿脉究竟为何物，还要通过地表勘查和钻探取样来确认。
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